Tính đến năm 2001, nạn đánh cắp tài khoản của các nhà cung cấp dịch vụ (ISP) đã trở nên phổ biến, gây cho một số khách hàng thiệt hại nặng nề. Sau khi Tổng công ty Bưu chính Viễn thông áp dụng một số biện pháp bảo mật cao hơn, các hacker chuyển sang tấn công những trang web lớn, ngân hàng, công ty - chủ yếu là đánh cắp tài khoản, mật khẩu và dữ liệu. Điều này đã khiến ngày càng nhiều trang web quốc tế từ chối tiếp nhận các giao dịch qua Internet với các IP từ Việt Nam. Trước tình hình đó, tổ chức HVA định hướng hoạt động chuyên sâu vào lĩnh vực bảo mật, trở thành hiệp hội của những chuyên gia làm bảo mật và nghiên cứu các lỗ hổng hệ thống thông tin cho các tổ chức và doanh nghiệp. Các thành viên tổ chức này đã thâm nhập vào một số trang web, để lại thông báo và khuyến cáo khắc phục về lỗ hổng, cũng như từng tìm gặp nhà thẩm quyền cao của một nhà cung cấp dịch vụ lớn tại Thành phố Hồ Chí Minh thông báo về lỗi hệ thống có thể bị lợi dụng - hành động này đôi lúc nhận được sự quan tâm, nhưng cũng có khi bị bỏ ngoài tai. Một số thành viên đại diện tổ chức này cho biết họ làm việc này hoàn toàn tự nguyện, không đòi hỏi thù lao hay quyền lợi cá nhân và "xem việc khám phá, tư vấn khắc phục những sơ hở của các hệ thống là trách nhiệm của cộng đồng hacker HVA", đồng thời thể hiện mong muốn hợp tác với các nhà doanh nghiệp và quản trị mạng.

Ngày 13/01/2012, HVA đứng ra tổ chức hội thảo an ninh mạng Tetcon lần thứ 1 (Tetcon 2012), quy tụ nhiều chuyên gia bảo mật đầu ngành với nhiều tham luận liên quan tới các vấn đề bảo mật nóng bỏng của năm. Đây là hoạt động thường niên của tổ chức HVA, sẽ diễn ra vào khoảng 30 ngày trước tết âm lịch hàng năm. Sau ngày hội thảo thường là buổi offline thân mật giữa các thế hệ ban quản trị và thành viên cốt cán của diễn đàn.

Từ năm 2011 đến năm 2013, HVA đứng ra với vai trò là tổ chức tiên phong chống lại các cuộc tấn công diện rộng của tổ chức tin tặc Sinh Tử Lệnh vốn là tổ chức tin tặc có nhiều hình thức tấn công cao cấp có dấu hiệu của tin tặc chuyên nghiệp được đầu tư bởi các chính phủ. Điều này khiến HVA trở thành mục tiêu đánh phá hàng đầu của Sinh Tử Lệnh.

Ngày 26/09/2014, HVA đột ngột tuyên bố đóng cửa HVA Forum, chuyển toàn bộ hệ thống vô trạng thái Read-Only. Kết thúc 15 năm hoạt động của tổ chức này một cách bất ngờ không một lời giải thích. Chỉ để ngỏ rằng: "HVA có thể sẽ chuyển sang một hình thức sinh hoạt mới. Mọi chi tiết sẽ được thông báo vào lúc thích hợp". Rất nhiều đồn đoán về lý do HVA đóng cửa được đưa ra, trong đó có thuyết cho rằng tổ chức này bị Sinh Tử Lệnh cài nội gián hoặc có sự phản bội từ bên trong dẫn tới nội bộ chia rẽ và HVA buộc phải đóng cửa vì sự an toàn của các thành viên.

Sau khi HVA đóng cửa, hàng loạt cuộc tấn công lớn nhỏ của Sinh Tử Lệnh và các tổ chức tin tặc chuyên nghiệp rộ lên mà không ai có thể ngăn cản. Tình hình bảo mật của Việt Nam chuyển biến xấu khôn lường.

Giới Hacker mũ trắng Việt Nam thiếu đi một trụ cột không thể thay thế trong khi sự trở lại của HVA vẫn là dấu hỏi chưa có lời đáp.